При вынесении постановления об отмене решения абритражного суда первой инстанции и отказе в удовлевторении Встречного иска суд апелляционной инстанции обязан устранить нарушения суда первой инстанции в части факта не рассмотрения Заявления ответчика в Отзыве о снижении неустойки (ст.333 ГК РФ), принимая во внимание, что в первой инстанции этот вопрос не был рассмотрен судом, - в первоначальном иске было отказано при этом Встречный иск ответчика был удовлевторён. 

Довод подателя жалобы о том, что после прекращения срока действия государственного контракта неустойка начислению не подлежит, был обоснованно отклонён, поскольку заключённый сторонами контракт не содержит условия о том, что окончание срока его действия влечёт прекращение обязательства по контракту.

По смыслу ст.329 ГК РФ соглашение о неустойке как способе обеспечения исполнения денежного обязательства и мере ответственности при его неисполнении включается в договор как дополнительное к основному обязательство и прекращается вместе с ним.

При начислении неустойки необходимо использовать показатели цены,  объёма исполненных обяззательств и сроков их исполнения в отношении каждой конкретной поставки.

Начисление неустойки на общую сумму контракта без учёта частичного исполнения обязательств по поставке товара допустимо при условии невозможности использования или отсуствия потребительской ценности для заказчика поставленной части предмета поставки, для чего необходимо установить возможность использования отдельных предметов поставки по отдельности с учётом цели закупки, что подлежит восполнению при новом рассмотрении дела.

Начисление неустойки в случае просрочки внесения авансового платежа допускается, если это установлено законом или явно выражено в соглашении сторон. Расширительное толкование правовых норм и договорных условий в части, касающейся ответственности, недопустимо. 

Исходя из положений Гражданского кодекса Российской Федерации законодатель придает неустойке три нормативно-правовых значения: как способ защиты гражданских прав (статья 12); как способ обеспечения исполнения обязательств (статья 329); как мера имущественной ответственности (компенсации) за неисполнение или ненадлежащее исполнение обязательств.

Согласно пункту 4 ст.425 ГК РФ окончание срока действия договора не освобождает стороны от ответственности за его нарушение. Следовательно, за несвоевременное внесение арендных платежей арендатор несёт ответственность, установленную в договоре, в частности, с него взыскивается неустойка за период после окончания срока действия договора.  

Проценты, начисляемые  в порядке ст.823 ГК РФ, то есть как коммерческий кредит, нельзя снизить на основании ст.333 ГК РФ, т.к. они не признаются штрафными санкциями.