Как следует из материалов дела, за ОАО "ЦИТ" зарегистрировано право собственности на функциональное (встроенное) помещение площадью 557,5 кв.м, расположенное на 1 этаже здания по ул. Муравьева-Амурского, 13 в г.Хабаровске; по данному помещению зарегистрировано существующее ограничение (обременение) прав - аренда. В деле представлен договор аренды от 20.02.2008 N 66/8, заключенный между ОАО "ЦИТ" (арендодатель) и ООО "Алмаз" (арендатор), согласно которому арендатор принял в пользование помещение площадью 557,5 кв.м NN 0 (1-6, 8-15), 1 (1-16), расположенное в доме по вышеназванному адресу, под торговлю (розничная торговля ювелирными изделиями), на срок с 20.02.2008 по 19.02.2011.
До истечения срока действия договора аренды N 66/08 указанное помещение общей площадью 557,5 кв.м приобретено ООО "Алмаз" согласно договору купли-продажи от 28.09.2009.
Переход права собственности на помещение зарегистрирован 29.10.2009.
ОАО "ЦИТ", ссылаясь на то, что только после соответствующей регистрации у ООО "Алмаз" возникло право собственности на имущество - помещение площадью 557,5 кв.м и прекратились обязательственные отношения по договору аренды N 66/08; до такой регистрации арендатор обязан исполнить условия договора, вносить арендные платежи, полагая, что у ответчика за период с 01.10.2009 по 28.10.2009 имеется задолженность в сумме 240970,30 руб., обратилось в арбитражный суд с настоящим иском, предъявив, в том числе требование о взыскании пени согласно п. 4.1 договора аренды N 66/08.
При разрешении спора установлено, что имущество - помещение площадью 557,5 кв.м передано арендодателем ООО "Алмаз" по передаточному акту от 20.02.2008 в рамках договора аренды от 20.02.2008 N 66/08.
По совершении сделки - договора купли-продажи указанного имущества от 28.09.2009 сторонами оформлен акт о приемке - передаче от 28.09.2009. Данный акт в силу пункта 1 ст.556 Гражданского кодекса Российской Федерации (далее - "ГК РФ")подтверждает исполнение обязательства продать имущество покупателю по договору купли-продажи, с этого момента обязательства по договору аренды  от 20.02.2008г. №66/08 заменены на новые обязательства, вытекающие из договора купли-продажи от 29.09.2009г. (ст.414 ГК РФ), покупатель  - ООО "Алмаз" стал законным владельцем проданного имущества, что согласуется с разъяснениями, изложенными в пункте 60 Постановления Пленума Верховного Суда Российской Федерации и Пленума Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации №10/22 "О некоторых вопросах, возникающих в судебной практике при разрешении споров, связанных с защитой права собственности и других вещных прав", согласно которым после передачи владения недвижимым имуществом покупателю, но до государственной регистрации права собственности покупатель является законным владельцем этого имущества.
То, что за продавцом сохраняется право собственности на имущество, связано с отсутствием права у его законного владельца распоряжаться имуществом, в силу вышепривдённых норма права не означет продолжение арендных отношений.
При изложенном вывод суда об отсутствии оснований для вызскания задолженности по договору аренды от 02.02.2008г. №66/08 за период с 01.10.2009 по 28.10.2009, соответственно, пени согласно п.4.1. названного договора является правильным.  

Постановление ФАС  Дальневосточного округа от 17.06.2010  №Ф03-3884/2010, дело №А73-19871/2009
Определение ВАС  РФ от 07.09.2010  №ВАС-11902/10, дело №А73-1987/2009